Το Yu-Gi-Oh 5ds παιρνει μερος  στην πολη του νεου Domino μερικα χρονια μετα από τα γεγονοτα με τους Yugi Muto και Jaden Yuki.Μια νεα μορφη μονομαχιων που λεγονται μονομαχιες Turbo οι οποιες γινονται πανω σε μηχανες που λεγονται Duel Runners.Παρολο που οι κανονικες μονομαχιες υπαρχουν ακομα,οι μονομαχιες Turbo εχουν γινει μια διασημη μορφη διασκεδασης για τους θεατες,οι οποιοι παρακολουθουν τις μονομαχιες σε ειδικα φτιαγμενα σταδια.